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MithraSIG fonctionne sur un système de calques (ou de couches).

Pour le modèle, il y a un calque par type d'objets MithraSIG. De ce fait, il est impossible d'avoir des objets différents au sein d'un même calque. Ainsi, les données formant le terrain ne peuvent être que dans le calque Terrain, les données formant les bâtiments ne peuvent être que dans le calque Bâtiment, etc.

En revanche, pour tout ce qui concerne les données d'entrée (donc les données non converties), il n'y a pas de règle.